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Cobro servicios Profesionales en Terrenos

Hola, llevo la contabilidad de una pequeña S.L., y ahora por circunstancias de la situación económica, el jefe desarrolla trabajos técnicos-urbanísticos y tiene un cliente (persona física) tenedor de una finca que quiere urbanizar. Al grano, este señor pretende pagar en terrenos los servicios prestados por la S.L. (mi jefe).

Dudas que me surgen: La S.L., deberá hacer una factura con su IVA. Posteriormente habrá que realizar la transmisión de estos terrenos al nuevo titular, con lo que se genera ITP y AJD? Es correcto. Existe alguna forma de evitar duplicidad en los impuestos, es decir, si pago IVA por la factura hay que realizar el ITP? Me han comentado algo respecto que el titular (persona física) renuncie a la excensión del IVA en cuyo caso evitaría ITP y declararía solo IVA.

Al tratarse de persona física, supongo que este señor este IVA que tiene que liquidar posteriormente no puede aplicar deducción. El problema en toda esta operación es que habrá que liquidar el IVA en efectivo y no tengo muy claro que forma es la más idónea. Por no decir, el Impuesto Sociedades de esta operación, que en principio es importante. Saludos