El TS considera que no es admisible que en el IS las bases imponibles negativas se apliquen doblemente cuando se aplican las bases imponibles negativas de la entidad absorbida

La STS de 23 de octubre de 2014, recurso n.º 4178/2012, declara que no es admisible la compensación de bases imponibles en los supuestos de fusión de sociedades en los que hay una transmisión en bloque de la totalidad del patrimonio de la sociedad fusionada en todos los casos; esto es, en el caso de fusión por absorción, si la sociedad absorbida tiene un crédito contra la Hacienda Pública por compensación de bases imponibles negativas de la sociedad en ejercicios futuros, rechaza que ese crédito pase a la sociedad absorbente, con independencia de que sea aplicable o no el régimen especial de fusiones, escisiones, aportaciones de activos y canje de valores. En este caso la operación de fusión controvertida se ampara en el régimen especial de Cap. VII del Tít. VII del TR Ley IS que establece, como principio general, la subrogación de la entidad adquirente en los derechos y obligaciones tributarias de la entidad transmitente, en particular, se plasma el derecho de la entidad adquirente a compensar las bases imponibles negativas generada por la entidad transmitente que estuvieran pendientes de compensar en el momento de la fusión con bases imponible negativas que se obtengan después de realizada la operación. Ello va en la línea de la neutralidad del régimen especial, esto es, evitar distorsiones y desincentivaciones al tiempo de realizarse reestructuraciones empresariales. Ese derecho, sin embargo, ésta sujeto a limitaciones. La lógica de la finalidad del art. 90.3 TR Ley IS es evitar el doble aprovechamiento fiscal de las pérdidas de la entidad transmitente. Ese doble aprovechamiento puede haberse materializado en cualquier socio anterior a la toma de participación por parte de la absorbente. En ese sentido, no es admisible que las bases imponibles negativas se apliquen doblemente: una vez, por el transmitente al computar una pérdida por diferencia entre el valor de las aportaciones y el de la transmisión y, otra vez, por el adquirente cuando se aplican las bases imponibles negativas de la entidad absorbida. La Sala fija la siguiente doctrina: "Del art. 90.3 pffo segundo, del TR Ley IS desprende que, en el contexto del principio de neutralidad, la Administración Tributaria debe aplicar automáticamente la limitación que establece dicho apartado a la hora de efectuar la comprobación de las limitaciones a la compensación de bases imponibles negativas".

(Tribunal Supremo de 10 de diciembre de 2021, recurso n.º 2802/2020)