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¿Puede la Administración comprobar los saldos a compensar que provienen de periodos de liquidación prescritos y que se aplican en otros no prescritos, con ocasión de la comprobación de estos últimos períodos?

El Tribunal Económico-Administrativo Central resuelve en  recurso extraordinario de alzada para la unificación de criterio, la cuestión relativa a determinar si en el ámbito del IVA la Administración puede comprobar los saldos a compensar que provienen de periodos de liquidación prescritos y que se aplican en otros no prescritos, con ocasión de la comprobación de estos últimos períodos.

Pues bien, el reconocimiento a partir de la reforma de la Ley 58/2003 (LGT) llevada a cabo por la Ley 34/2015, de 21 de septiembre, de la posibilidad de comprobar e investigar las cuotas compensadas o pendientes de compensación en concepto de IVA, en los términos del art. 66.bis.2 de la Ley 58/2003 (LGT), no puede extenderse, sin embargo, a aquellos casos en los que la regularización del período cuyo resultado es a compensar ha sido anulada por prescripción por un órgano revisor o por motivo distinto al de prescripción, sin practicar una nueva liquidación, en tiempo hábil, conforme al procedimiento legalmente establecido, y salvando los defectos que el órgano revisor estimó concurrentes en la liquidación anulada.

En definitiva, y por lo que se refiere al supuesto concreto que estamos analizando, la Administración empleó sus facultades de comprobación en relación con los ejercicios 2006, 2007 y 2008, y ha prescrito su derecho en relación con el ejercicio 2006 -que es el único en el que se practica regularización por una cuestión de fondo, de forma que en los siguientes únicamente se regularizan los efectos del traslado de saldos del ejercicio 2006-, agotando con ello sus facultades de comprobación respecto de dicho ejercicio, no pudiendo ahora el Tribunal Económico-Administrativo arrastrar los efectos de dicha regularización a periodos no prescritos. Esto es, anuladas las liquidaciones de 2006, por el órgano revisor no se pueden trasladar los efectos de las regularizaciones efectuadas por el órgano inspector a períodos posteriores, dada la desaparición del ámbito del derecho de las liquidaciones anuladas.

(TEAC, de 09-06-2020, RG 6201/2019)