El TS debe determinar si la Administración puede rectificar errores de la primera liquidación tramitando un nuevo procedimiento de comprobación e investigación y si el principio de conservación de actos y trámites es aplicable en procedimientos nulos
La sentencia impugnada rechazó las pretensiones de la actora, a saber: improcedencia de reconstruir el expediente administrativo en caso de anulación de la liquidación por motivos de fondo ya que el expediente no contiene los elementos de prueba necesarios para liquidar y la instrucción no puede completarse por cuanto las liquidaciones previamente anuladas por el TEAC lo fueron por motivos sustantivos; improcedencia de la liquidación impugnada por basarse en pruebas recabadas durante una retroacción de actuaciones declarada improcedente. No obra en el expediente justificación que permita concluir "en qué ámbito de actividad se adquirió el inmueble y el destino previsible del mismo en el momento de su adquisición", incurriendo la Administración en una reiteración del vicio que comportó la anulación de la primera liquidación; improcedencia de la liquidación por haber prescrito el derecho de la administración a liquidar el IVA del segundo trimestre del ejercicio 2007. Al contrario de lo que sostiene el TEAC, sí resulta de aplicación lo dispuesto en el art. 150.5 LGT y, en consecuencia, el derecho a liquidar estaba prescrito; improcedencia de la liquidación impugnada por falta de motivación pues no se justifica que el destino previsible del inmueble transmitido no permitiera renunciar a la exención; nulidad de la liquidación por resultar improcedente hacer recaer en el transmitente los errores cometidos por el adquirente sobre el destino previsible del inmueble. Cumplimiento del requisito del derecho a la deducción total del impuesto soportado de acuerdo con el destino previsible del bien adquirido y, por último improcedencia de la liquidación impugnada por vulneración del principio de seguridad jurídica al negar efectos a la renuncia a la exención. Las cuestiones que presentan interés casacional consisten em determinar si la potestad que la jurisprudencia del Tribunal Supremo reconoce a la Administración tributaria para reiterar una liquidación tras una estimación total por razones sustantivas, permite rectificar los errores cometidos en la primera liquidación, tramitando un nuevo procedimiento de comprobación e investigación. También se debe determinar si el principio de conservación de actos y trámites previsto en los arts 51 LPAC y 66.3 RGRVA, resulta de aplicación cuando estos se adoptaron en un procedimiento viciado de nulidad desde su inicio y que resultaban ser la esencia de este; si la excepción jurisprudencial al reconocimiento de efecto interruptivo a la interposición de cualquier clase del art. 68.1.b) LGT se debe aplicar también en supuestos en los que el contribuyente se ve obligado a recurrir sistemáticamente actos declarados improcedentes por razones sustantivas. Finalmente, también deberá el Tribunal determinar si, en aplicación del art.17.5 de la Sexta Directiva del IVA, debe aplicarse la prorrata especial en aquellos casos en que esta se adapta mejor al principio de neutralidad del IVA incluso si el sujeto pasivo ha optado expresamente por la general. Es preciso indicar que la jurisprudencia de esta Sala permite el reinicio de las actuaciones anuladas previamente en vía de reclamación económico-administrativa o judicial, salvo en los casos de nulidad de pleno derecho.
(Auto Tribunal Supremo de 24 de mayo de 2023, recurso n.º 8287/2022)