¿Una autoliquidación complementaria presentada por el obligado tributario desplaza el dies a quo de la prescripción del derecho a solicitar la devolución del exceso ingresado, por entenderse que sustituye o rectifica la autoliquidación anterior?

El TS deberá determinar si una autoliquidación complementaria presentada por el obligado tributario, en la que se ingresa una cantidad adicional a la previamente autoliquidada por el mismo concepto y periodo, puede desplazar el dies a quo del cómputo del plazo de prescripción del derecho a solicitar la devolución del exceso ingresado, por entenderse que sustituye o rectifica la autoliquidación anterior, aun cuando no se hubiera formulado expresamente como solicitud de rectificación.
En el Auto del Tribunal Supremo de 3 de julio de 2025, recurso n.º 4710/2024 se plantea al Tribunal la cuestión que consiste en determinar si una autoliquidación complementaria presentada por el obligado tributario, en la que se ingresa una cantidad adicional a la previamente autoliquidada por el mismo concepto y periodo, puede desplazar el momento inicial del cómputo del plazo de prescripción del derecho a solicitar la devolución del exceso ingresado, por entenderse que sustituye o rectifica la autoliquidación anterior, aun cuando no se hubiera formulado expresamente como solicitud de rectificación, conforme al art. 120 LGT.
Respecto a la interrupción de la prescripción, señala el recurrente que la sentencia recurrida entiende que el dies a quo para el cómputo de dicho plazo no es el día posterior a la presentación de la autoliquidación inicial, sino el día posterior a la presentación de la autoliquidación complementaria. Por ello, considera que la única autoliquidación afectada por la solicitud de rectificación fue la presentada al objeto de regularizar la deducción por doble imposición internacional. Sin embargo, el tribunal a quo prescinde del tenor literal del art. 68.3 LGT, que establece de manera taxativa las únicas causas por las que puede entenderse interrumpido el plazo de prescripción del derecho a solicitar la devolución de ingresos indebidos, a saber, por cualquier actuación fehaciente del obligado tributario que pretenda la devolución, el reembolso o la rectificación de su autoliquidación y por la interposición, tramitación o resolución de reclamaciones o recursos de cualquier clase.
La sentencia recurrida realiza una construcción interpretativa de la prescripción del derecho a rectificar una autoliquidación que puede tener una incidencia general en la aplicación del artículo 120.3 de la LGT y de los arts. 66.c), 67.1 y 68.3 LGT, respecto al régimen del cómputo del plazo y sus causas de interrupción. Concretamente, el órgano a quo concluye que la presentación de una autoliquidación complementaria puede desplazar el dies a quo del cómputo del plazo de prescripción, al considerarla como autoliquidación sustitutiva de la anterior, en tanto que fija la deuda tributaria definitiva. La Sala a quo entendió que el planteamiento correcto sería «no tanto si se interrumpe o no el plazo de prescripción por la presentación de la declaración complementaria, cuanto cuál es el día inicial del "dies a quo" del plazo de prescripción del derecho a solicitar la devolución de ingresos indebidos, el día posterior a la presentación de la autoliquidación inicial, o el día posterior a la presentación de la autoliquidación complementaria». De tal forma que entiende que, «la única autoliquidación afectada por la solicitud de rectificación fue la presentada el 20 de mayo de 2016, pues esta se presentó al objeto de regularizar la deducción por doble imposición internacional, porque sustituía a la anterior que no podía tener otro carácter que el de provisional». Ello contrasta con el criterio de la Administración, que considera que tal presentación no interrumpe el plazo, por no figurar expresamente en el elenco del art. 68.3 LGT, salvo que la actuación tenga naturaleza de solicitud de rectificación en los términos del art. 120.3 LGT. El procedimiento de rectificación tiene un régimen jurídico propio que encuentra su desarrollo reglamentario, principalmente, en los arts. 126 a 128 RGAT.
El Tribunal deberá resolver la cuestión que consiste en determinar si una autoliquidación complementaria presentada por el obligado tributario, en la que se ingresa una cantidad adicional a la previamente autoliquidada por el mismo concepto y periodo, puede desplazar el momento inicial del cómputo del plazo de prescripción del derecho a solicitar la devolución del exceso ingresado, por entenderse que sustituye o rectifica la autoliquidación anterior, aun cuando no se hubiera formulado expresamente como solicitud de rectificación, conforme al art. 120 LGT.
(Auto Tribunal Supremo de 3 de julio de 2025, recurso n.º 4710/2024)