TEAC: cambio de criterio respecto a los intereses de demora por ingresos indebidos por pagos fraccionados durante el RDL 2/2016, ahora inconstitucional: la AEAT debe abonar los intereses desde el ingreso de los pagos fraccionados hasta su devolución
Esta resolución ilustra de manera clara varias cuestiones: la autonomía de los pagos fraccionados respecto de la obligación principal del IS, los efectos limitados de la declaración de inconstitucionalidad sobre normas específicas, la delimitación del plazo de prescripción para reclamar ingresos indebidos, la competencia de los órganos tributarios para tramitar rectificaciones y la correcta aplicación de los intereses de demora conforme a la jurisprudencia del Tribunal Supremo.
El caso que analiza la resolución del TEAC de 25 de noviembre de 2025, RG 3038/2022 gira en torno a los pagos fraccionados mínimos del Impuesto sobre Sociedades (IS) y las implicaciones de su declaración de inconstitucionalidad, con especial atención a las autoliquidaciones realizadas por una entidad durante los ejercicios 2016, 2017 y 2018.
Todo comenzó con la aprobación del Real Decreto-ley 2/2016, de 30 de septiembre, adoptado en el marco de medidas urgentes para reducir el déficit público. Entre otras disposiciones, este decreto introdujo la disposición adicional decimocuarta (DA 14ª) en la Ley del Impuesto sobre Sociedades (LIS), estableciendo que aquellos contribuyentes cuyo importe neto de la cifra de negocios superara los 10 millones de euros deberían ingresar un importe mínimo en sus pagos fraccionados, en la modalidad prevista en el art. 40.3 de la LIS. Esta obligación afectaba a los períodos impositivos iniciados a partir del 1 de enero de 2016 y generó un nuevo régimen que imponía pagos anticipados significativamente superiores a los establecidos en el régimen general.
Posteriormente, la Ley 6/2018 de Presupuestos Generales del Estado incorporó la DA 14ª a la LIS mediante su art. 71, aplicable a los ejercicios iniciados a partir del 1 de enero de 2018. Si bien esta ley introdujo algunas modificaciones, como la ampliación de la excepción para entidades de capital-riesgo reguladas en la Ley 22/2014 y la aplicación temporal de dicha excepción, así como particularidades para las empresas navieras, mantuvo en esencia el régimen de pagos fraccionados mínimos que había sido introducido por el RD-ley 2/2016.
La complejidad del caso se incrementó cuando, el 19 de diciembre de 2018, la Sección Séptima de la Sala de lo Contencioso-Administrativo de la Audiencia Nacional planteó una cuestión de inconstitucionalidad sobre el artículo único del RD-ley 2/2016, alegando una posible vulneración de los arts. 86.1 y 31.1 de la Constitución Española, relacionados con la afectación del deber de contribuir y el principio de capacidad económica. El Tribunal Constitucional, mediante la STC 78/2020 de 1 de julio, declaró la inconstitucionalidad y nulidad del RD-ley 2/2016, al considerar que la norma afectaba la esencia del deber de contribuir consagrado en la Constitución. Sin embargo, el tribunal no se pronunció sobre el principio de capacidad económica, dejando sin resolver esta cuestión específica. Como consecuencia directa, los pagos fraccionados realizados bajo la DA 14ª durante la vigencia del RD-ley 2/2016 (segundo y tercer trimestre de 2016 y primer, segundo y tercer trimestre de 2017) se consideraron ingresos indebidos, generando el derecho de los contribuyentes a solicitar su devolución.
En este contexto, la entidad reclamante presentó solicitudes de rectificación de sus autoliquidaciones correspondientes a esos períodos, alegando que los pagos realizados eran excesivos y, por tanto, indebidos. La Administración tributaria reconoció parcialmente la procedencia de las devoluciones, pero rechazó la reclamación respecto a ciertos períodos alegando prescripción del derecho a solicitar la devolución. La entidad defendió que existieron actuaciones interruptivas, en concreto el inicio de actuaciones de comprobación del IS sobre los ejercicios 2015 a 2018, que habrían interrumpido el cómputo del plazo de prescripción. No obstante, el TEAC aclaró que la Ley General Tributaria establece que el plazo de prescripción del derecho a la devolución de ingresos indebidos no se interrumpe por las actuaciones de la Administración, sino únicamente por la actuación del contribuyente o por causas expresamente previstas. En consecuencia, la alegación de la entidad respecto a la interrupción por procedimientos inspectorios fue desestimada.
En términos prácticos, la prescripción del derecho a solicitar la devolución de los pagos fraccionados indebidos comienza el día siguiente al ingreso de cada pago fraccionado, que en este caso fueron el 21 de octubre de 2016 (2P 2016), 21 de diciembre de 2016 (3P 2016) y 21 de abril de 2017 (1P 2017), con un plazo de cuatro años, salvo la suspensión temporal derivada del RD-ley 8/2020 por la pandemia de COVID-19 entre el 14 de marzo y el 30 de mayo de 2020. La entidad presentó sus solicitudes de rectificación en fecha 21 de septiembre de 2021, es decir, fuera del plazo para los pagos fraccionados de 2016 y primer trimestre de 2017, resultando prescritos dichos derechos, mientras que los pagos del segundo y tercer trimestre de 2017 aún eran reclamables.
Por otro lado, la entidad cuestionó que las solicitudes de rectificación deberían haberse tramitado por la Dependencia de Control Tributario y Aduanero (DCTyA), que realizaba la inspección del IS de los ejercicios correspondientes, y no por la Dependencia de Asistencia y Servicios Tributarios (DAST). El TEAC explicó que, según la estructura orgánica de la AEAT, corresponde a la DAST tramitar y resolver las solicitudes de rectificación de autoliquidaciones y abonar los ingresos indebidos, ya que los pagos fraccionados son obligaciones autónomas y su revisión se separa de las actuaciones inspectoras sobre la obligación principal del impuesto. Por tanto, la actuación de la AEAT fue ajustada a derecho.
En relación con los pagos fraccionados de 2018, la entidad alegó la inconstitucionalidad de la DA 14ª de la LIS, argumentando que la Ley 6/2018 no habría subsanado los vicios de la normativa anterior. El TEAC aclaró que la STC 78/2020 únicamente declaró inconstitucional el RD-ley 2/2016, por lo que no podía extenderse a la Ley 6/2018, y reiteró que los tribunales económico-administrativos no tienen competencia para declarar inconstitucionalidad, correspondiendo ello al Tribunal Constitucional o a la jurisdicción contencioso-administrativa. Por tanto, las alegaciones respecto a los pagos fraccionados de 2018 fueron desestimadas.
Finalmente, respecto a los pagos fraccionados del segundo y tercer trimestre de 2017, cuya nulidad fue reconocida, la Oficina Gestora determinó el abono de los intereses de demora sobre las cantidades indebidas, aplicando la doctrina del Tribunal Supremo (STS 13/05/2024, Rec. 8429/2022). Según esta jurisprudencia, los intereses deben calcularse desde la fecha del ingreso indebido hasta su devolución efectiva, con carácter compensatorio, independientemente de que no haya existido retraso injustificado por parte de la Administración. Esto representó un cambio en el criterio del TEAC, que anteriormente limitaba los intereses a los casos en que existiera mora o retraso. Así, la entidad obtuvo la devolución de los pagos fraccionados indebidos de 2017 junto con los intereses de demora, mientras que las reclamaciones relativas a períodos prescritos y ejercicios 2018 y posteriores fueron desestimadas.
La resolución final del TEAC confirma la devolución parcial de los pagos fraccionados indebidos, reconoce los intereses de demora correspondientes y establece de manera precisa los límites temporales y normativos para la reclamación.