Improcedente la rectificación del IVA por superar el plazo de un año al optar por la regularización en autoliquidaciones posteriores
La doctrina del Tribunal Supremo señala que existen dos plazos sucesivos: uno para rectificar las cuotas impositivas repercutidas, de cuatro años, y otro para regularizar la situación tributaria cuando se opta por la vía de la inclusión en autoliquidaciones posteriores, limitado a un año desde el momento en que debió efectuarse la rectificación, sin que la normativa permita extender dicho plazo.
El Tribunal Económico-Administrativo Central, en su resolución RG 1362/2024, de 27 de febrero de 2026, se pronuncia atendiendo a la doctrina del Tribunal Supremo, diferenciando entre el plazo para rectificar las cuotas impositivas repercutidas, de cuatro años, y el plazo de un año para regularizar la situación tributaria cuando se opta por la vía de la inclusión en autoliquidaciones posteriores.
En el supuesto analizado, la entidad, que tributa en el régimen especial del grupo de entidades del IVA, realizó operaciones sujetas al impuesto cuyo devengo se produjo en un periodo anterior, repercutiendo las correspondientes cuotas conforme a una determinada base imponible, que posteriormente fue objeto de modificación como consecuencia de la concesión de descuentos o rappels a clientes. Como consecuencia de ello, se emitieron facturas rectificativas en un periodo posterior, si bien dichas facturas no fueron tenidas en cuenta en la autoliquidación correspondiente a dicho periodo. Con posterioridad, la entidad solicitó la rectificación de la autoliquidación del periodo en que se emitieron las facturas rectificativas con el fin de recuperar el IVA derivado de la modificación de la base imponible, siendo dicha solicitud desestimada por la Administración al considerar que la regularización debía efectuarse conforme a lo previsto en el art.89.Cinco LIVA.
El Tribunal señala que el art. 80 LIVA regula la modificación de la base imponible, disponiendo que esta se reducirá, entre otros supuestos, por los descuentos y bonificaciones otorgados con posterioridad al momento en que la operación se haya realizado, siempre que estén debidamente justificados. Asimismo, conforme al art. 24 RIVA y al art. 15 del Reglamento de facturación, en estos casos el sujeto pasivo está obligado a expedir una factura rectificativa cuando se produzcan las circunstancias que dan lugar a la modificación de la base imponible o cuando las cuotas repercutidas se hubiesen determinado incorrectamente, debiendo efectuarse dicha expedición en el momento en que se tenga constancia de tales circunstancias y dentro del plazo de cuatro años.
A continuación, el Tribunal analiza el art. 89 LIVA, que regula la rectificación de las cuotas impositivas repercutidas, señalando en su apartado Uno que los sujetos pasivos deberán efectuar dicha rectificación cuando el importe de las cuotas se hubiese determinado incorrectamente o cuando se produzcan las circunstancias previstas en el art. 80 de la Ley. En particular, el art. 89.Cinco establece que, cuando la rectificación determine una minoración de las cuotas inicialmente repercutidas, el sujeto pasivo podrá optar entre dos alternativas: la prevista en la letra a), consistente en iniciar el procedimiento de rectificación de autoliquidaciones conforme al art. 120.3 LGT, o la prevista en la letra b), consistente en regularizar la situación tributaria en la declaración-liquidación correspondiente al periodo en que deba efectuarse la rectificación o en las posteriores dentro del plazo de un año desde dicho momento, con la obligación de reintegrar al destinatario el importe de las cuotas repercutidas en exceso.
El Tribunal precisa que la alternativa del art.89.Cinco.a) se refiere a la rectificación de la autoliquidación originaria en la que se incluyeron las cuotas de IVA devengado cuya repercusión se rectifica, siendo de aplicación el plazo general de prescripción previsto en los arts. 66 y 67 LGT, mientras que la alternativa del art. 89.Cinco.b) permite la regularización en autoliquidaciones posteriores, pero únicamente dentro del plazo de un año desde el momento en que debió efectuarse la rectificación, sin que la norma permita efectuar dicha regularización de manera indefinida.
En el caso concreto, el Tribunal concluye que la entidad no instó la rectificación de la autoliquidación originaria en la que se incluyeron las cuotas repercutidas correspondientes a las operaciones inicialmente realizadas, sino que pretendió recuperar el IVA mediante la rectificación de la autoliquidación correspondiente al periodo en que se emitieron las facturas rectificativas. Esta actuación se encuadra en la vía prevista en el art. 89.Cinco.b) LIVA, si bien la entidad no regularizó su situación en la autoliquidación del periodo en que debía efectuarse la rectificación ni en las posteriores dentro del plazo de un año establecido por la norma, sino que instó la rectificación con posterioridad a dicho plazo.
En este sentido, el Tribunal, apoyándose en la doctrina del Tribunal Supremo, señala que existen dos plazos sucesivos: uno para rectificar las cuotas impositivas repercutidas, de cuatro años, y otro para regularizar la situación tributaria cuando se opta por la vía de la inclusión en autoliquidaciones posteriores, limitado a un año desde el momento en que debió efectuarse la rectificación, sin que la normativa permita extender dicho plazo. Por ello, rechaza la interpretación de la entidad según la cual cabría acudir a la rectificación de autoliquidaciones sin sujeción a este límite temporal cuando en realidad se ha seguido la vía del art. 89.Cinco.b).
En consecuencia, al no haberse efectuado la regularización dentro del plazo previsto, el Tribunal considera que no resulta procedente la rectificación solicitada, desestima las alegaciones formuladas y confirma el acuerdo de la Administración.