La Administración puede comprobar saldos de IVA pendientes de compensación generados en períodos prescritos cuando se compensen en ejercicios posteriores no prescritos
El Tribunal Supremo determina que, tras la reforma de la Ley 34/2015, la Administración puede comprobar y, en su caso, rectificar los saldos de IVA pendientes de compensación generados en períodos prescritos cuando estos se proyecten sobre ejercicios posteriores no prescritos, al constituir créditos fiscales cuya realidad y cuantía pueden ser verificadas para determinar correctamente la obligación tributaria.
La controversia de la sentencia de 23 de julio de 2026, del Tribunal Supremo, nº 988/2026, con nº recurso 5852/2023, se centra en la posibilidad de que la Administración compruebe saldos de IVA pendientes de compensación procedentes de períodos prescritos cuando dichos saldos se utilizan para determinar la deuda tributaria de períodos posteriores que todavía no han prescrito.
La cuestión presenta interés casacional porque, tras la reforma introducida por la Ley 34/2015, es necesario determinar si los arts. 66 bis y 115 de la LGT permiten a la Administración comprobar el origen y cuantía de estos saldos de IVA, aunque el período en el que se generaron ya no pueda ser objeto de liquidación.
El art. 66 bis LGT distingue entre el derecho de la Administración a liquidar una deuda tributaria y su potestad para comprobar e investigar determinados elementos con efectos en ejercicios posteriores. En particular, establece un plazo de diez años para comprobar determinadas bases, cuotas y deducciones pendientes de compensación o aplicación.
Por su parte, el art. 115 LGT permite comprobar hechos, operaciones o circunstancias correspondientes a ejercicios prescritos cuando dicha comprobación resulte necesaria para regularizar obligaciones tributarias de períodos que todavía no hayan prescrito. Asimismo, permite que la Administración califique los hechos con independencia del ejercicio en el que se produjeron cuando esa calificación tenga efectos sobre obligaciones tributarias no prescritas.
Posición del TSJ y de las partes
El TSJ de la Comunidad Valenciana consideró que la prescripción de los tres primeros trimestres de 2015 únicamente impedía liquidar esos períodos, pero no impedía comprobar el saldo de IVA pendiente de compensación que se trasladaba al cuarto trimestre de 2015. Según la Sala, la reforma de 2015 estableció precisamente una separación entre prescripción del derecho a liquidar y potestad de comprobación.
La entidad sostuvo, por el contrario, que una vez prescrito el período en el que se generó el saldo de IVA, la Administración no podía revisar las operaciones que determinaron su importe. A su juicio, permitirlo supondría revisar indirectamente un período prescrito y vulneraría la seguridad jurídica.
Diferencia entre prescripción y potestad de comprobación
El Tribunal Supremo parte de que la Ley 34/2015 reforzó expresamente la distinción entre el derecho a liquidar y la potestad de comprobación e investigación. La prescripción de un período impide a la Administración practicar una liquidación respecto de ese período, pero no supone necesariamente que todos los elementos fiscales originados en él queden fuera de cualquier comprobación futura.
De este modo, cuando un elemento generado en un período prescrito continúa produciendo efectos fiscales en un ejercicio posterior no prescrito, la Administración puede comprobarlo si resulta necesario para determinar correctamente la obligación tributaria de este último período. La jurisprudencia anterior y posterior a la reforma ya había reconocido esta autonomía de la potestad comprobadora, criterio que fue expresamente incorporado a la LGT.
Los saldos de IVA como créditos fiscales
La cuestión fundamental consiste en determinar si los saldos de IVA pendientes de compensación quedan incluidos en el ámbito del art. 66 bis LGT. Aunque la recurrente sostiene que en el IVA no existen propiamente «cuotas pendientes de compensación», sino saldos derivados del exceso de cuotas soportadas deducibles sobre las devengadas, el Tribunal Supremo atiende a su naturaleza y función.
El saldo pendiente de compensación constituye, desde una perspectiva sustancial, un crédito fiscal que el contribuyente pretende utilizar en períodos posteriores. Por ello, la Administración debe poder comprobar su realidad y cuantía cuando dicho saldo se proyecta sobre un ejercicio no prescrito. Lo relevante no es tanto la denominación utilizada por la normativa del IVA como el hecho de que se trata de un elemento fiscal generado en un período anterior que produce efectos sobre una obligación tributaria posterior.
La prescripción del período de origen no impide la comprobación
El Tribunal Supremo diferencia claramente entre liquidar un período prescrito y comprobar un crédito fiscal que tiene efectos en un período no prescrito. La prescripción de los primeros trimestres de 2015 impedía practicar una liquidación respecto de ellos, pero no impedía verificar el saldo de IVA que se pretendía compensar en el cuarto trimestre de 2015.
Aceptar la tesis de la recurrente supondría considerar intangibles todos los saldos de IVA por el mero hecho de haberse generado en un período prescrito, incluso cuando siguieran siendo utilizados para reducir la deuda tributaria de ejercicios abiertos a comprobación. Esta consecuencia sería contraria a la finalidad de la reforma de 2015 y a la regulación específica de los arts. 66 bis y 115 LGT.
Doctrina fijada por el Tribunal Supremo
El Tribunal Supremo concluye que, tras la reforma de la Ley 34/2015, la Administración puede comprobar los saldos de IVA pendientes de compensación generados en períodos respecto de los cuales haya prescrito el derecho a liquidar, siempre que dichos saldos se utilicen en períodos posteriores no prescritos y la comprobación sea necesaria para determinar correctamente la obligación tributaria de estos últimos.
Por tanto, la prescripción del período en el que se generó el saldo impide liquidar dicho período, pero no necesariamente comprobar el crédito fiscal que sigue produciendo efectos en ejercicios posteriores no prescritos, dentro de los límites establecidos por el art. 66 bis LGT.