¿Tienen los órganos de gestión competencias de comprobación respecto de entidades que tributan en regímenes especiales?
En el caso que nos ocupa el Tribunal resuelve en recurso extraordinario de alzada para la unificación de criterio, la cuestión relativa a la competencia de los órganos de gestión tributaria para la comprobación de entidades que tributan en regímenes especiales.
Pues bien, todas aquellas actuaciones que impliquen investigaciones o comprobaciones sobre obligados tributarios acogidos a los regímenes especiales previstos por la normativa del Impuesto sobre Sociedades deben ser llevadas a cabo por los órganos de inspección, sin que los órganos de gestión tributaria sean competentes, ahora bien, ello no obsta para que comprobaciones que nada tienen que ver con el régimen especial, aunque la sociedad objeto de comprobación tribute en régimen especial, a criterio del TEAC, puedan ser realizadas por los órganos de gestión tributaria.
Así, a la vista del art. 141.e) de la Ley 58/2003 (LGT) y teniendo en cuenta que hay sentencias del Tribunal Supremo que señalan que existe una "reserva legal de procedimiento tributario respecto del ejercicio de las funciones administrativas dirigidas a la comprobación del cumplimiento de los requisitos exigidos para la aplicación de regímenes tributarios especiales" -véase STS, de 23 de marzo de 2021-, precisando que su doctrina no se limita al régimen de entidades parcialmente exentas, sino que esta reserva legal afecta a los distintos regímenes tributarios especiales, el Tribunal Central considera que el criterio de las citadas resoluciones es de aplicación a todos los regímenes tributarios especiales, como los regulados en la normativa propia de cada tributo, y por ello al régimen especial de grupo de entidades -arts. 163.quinquies a 163.nonies de la Ley 37/1992 (Ley IVA)- al que estaba acogido el sujeto pasivo en el supuesto objeto de análisis.
Dicho esto, el Tribunal Central fija criterio estableciendo que cuando el objeto y alcance de la comprobación administrativa de un obligado tributario acogido a un régimen tributario especial no se refiere a la comprobación del cumplimiento de los requisitos exigidos para la aplicación del régimen especial, y la regularización no se fundamente en las normas específicas del mismo, sino en las reglas comunes del impuesto, su comprobación podrá efectuarse también por medio de los procedimientos gestores.