El TEAC analiza la deducibilidad de cuotas de IVA soportado que se habían incluido en el modelo 322, pero que no figuraban registradas en el libro de facturas recibidas llevado a través del Suministro Inmediato de Información
Análisis de la resolución del TEAC de 27 de octubre de 2025 (RG 3742/2024) sobre la aplicación obligatoria del recargo de equivalencia en operaciones con comerciantes minoristas, los requisitos probatorios para su exclusión, la deducibilidad de cuotas de IVA soportado no registradas en el SII, el tratamiento específico del IVA a la importación conforme al principio de regularización íntegra y neutralidad del impuesto, así como la delimitación entre incumplimientos formales y culpabilidad sancionable en el ámbito del sistema de Suministro Inmediato de Información.
En la resolución del TEAC, RG 3742/2024 de 27 de octubre de 2025 Identifica como principales controversias el devengo y la obligación de ingreso del recargo de equivalencia en determinadas operaciones realizadas con clientes concretos, así como la deducibilidad de cuotas de IVA soportado no registradas en el SII.
RECARGO DE EQUIVALENCIA
En relación con el recargo de equivalencia, el Tribunal recuerda que se trata de un régimen especial del IVA de aplicación obligatoria para los comerciantes minoristas. Corresponde al proveedor la obligación de repercutir, liquidar e ingresar el recargo junto con el IVA, siendo el minorista quien debe acreditar, que no está sometido al régimen especial en relación con determinadas adquisiciones.
El Tribunal rechaza la tesis de la reclamante según la cual, en ausencia de acreditación, debería aplicarse el régimen general del IVA. Por el contrario, sostiene que el régimen especial se aplica por defecto a los comerciantes minoristas, de modo que solo cabe excluirlo cuando exista una acreditación específica y suficiente de que la adquisición no se destina a la actividad minorista o concurre alguna causa legal de exclusión. Este criterio ha sido reiterado en resoluciones anteriores del propio Tribunal, incluidas las dictadas respecto de la misma entidad.
A continuación, el Tribunal analiza los mecanismos de control invocados por la reclamante, consistentes en la asignación de dos tarjetas a los clientes en función del régimen aplicable y en la inclusión de menciones en factura relativas a la no aplicación del recargo. Considera que dichos mecanismos se basan exclusivamente en la declaración del cliente en el momento del alta y no incorporan controles adicionales sobre la actividad efectivamente desarrollada ni sobre el destino real de las adquisiciones. En consecuencia, concluye que no constituyen medios de prueba suficientes para acreditar la improcedencia del régimen especial.
El Tribunal pone de relieve que permitir a los clientes elegir libremente la tarjeta con la que realizar sus compras equivale, en la práctica, a dejar la aplicación del recargo de equivalencia a su sola voluntad, lo que resulta incompatible con el carácter obligatorio del régimen y favorece comportamientos elusivos. Destaca, además, que los minoristas tienen un claro incentivo económico para utilizar la tarjeta que no conlleva el recargo, lo que refuerza la insuficiencia probatoria de dicho sistema.
En cuanto a las alegaciones relativas a la utilización de presunciones, a la falta de motivación y a la vulneración de los principios de proporcionalidad y neutralidad, el Tribunal considera que la Inspección ha actuado sobre la base de hechos debidamente acreditados, utilizando criterios objetivos y filtros razonables para determinar las operaciones sujetas al recargo. Señala que todos los cálculos y criterios empleados están debidamente motivados en el acuerdo de liquidación y que la Administración ha analizado la documentación aportada por la entidad, aunque no haya compartido sus conclusiones.
El Tribunal también rechaza la alegación de que determinadas adquisiciones no debieran quedar sujetas al recargo por destinarse a usos distintos de la reventa minorista, al no haberse acreditado suficientemente dicha circunstancia en el procedimiento. En particular, subraya que la mera utilización de una de las tarjetas facilitadas por el proveedor no acredita el destino real de los bienes ni la exclusión del régimen especial.
DEDUCIBILIDAD DE CUOTAS DE IVA SOPORTADO NO REGISTRADAS EN EL SII
Posteriormente se examina, la segunda de las cuestiones objeto de regularización por la Inspección, centrada en la deducibilidad de determinadas cuotas de IVA soportado que la entidad había incluido en sus autoliquidaciones agregadas del modelo 322, pero que no figuraban debidamente registradas en el libro registro de facturas recibidas llevado a través del sistema de Suministro Inmediato de Información (SII).
La Inspección detecta importantes discrepancias entre las cuotas deducidas y las efectivamente registradas en el sistema, señalando que, tras compensar los periodos en los que se dedujeron importes inferiores con aquellos en los que se dedujeron importes superiores, el resultado neto arroja un exceso de deducción superior a 6,8 millones de euros respecto de las cuotas comunicadas al SII. No obstante, la Administración delimita el alcance de la regularización excluyendo expresamente aquellas cuotas que, por su propia naturaleza, no generan riesgo recaudatorio, como las correspondientes a adquisiciones intracomunitarias de bienes o a operaciones sujetas a inversión del sujeto pasivo.
En relación con el IVA a la importación, la Inspección mantiene una posición especialmente restrictiva, al negar la deducibilidad de las cuotas liquidadas por la Aduana cuando estas no habían sido registradas en el SII dentro del plazo reglamentario. La Administración argumenta que el sistema de diferimiento del IVA a la importación no altera la distinción esencial entre el devengo de la deuda tributaria y el nacimiento del derecho a la deducción, el cual exige el cumplimiento de los requisitos materiales y formales previstos en la Ley del IVA. Desde esta perspectiva, equipara la falta de registro en el SII a la inexistencia de libros registro, concluyendo que dicho incumplimiento formal impide el ejercicio del derecho a la deducción en los periodos objeto de comprobación, sin perjuicio de su eventual ejercicio en periodos posteriores.
A partir de esta regularización, el Tribunal aborda un análisis detallado de la naturaleza jurídica del SII y de sus efectos en el sistema del IVA. Recuerda que el SII no constituye una mera obligación informativa accesoria, sino que sustituye la llevanza material de los libros registro del impuesto, trasladándolos a la sede electrónica de la Agencia Tributaria mediante el suministro periódico de información por parte del contribuyente. En consecuencia, la falta de suministro correcto y completo de los registros no solo da lugar a posibles sanciones, sino que afecta directamente a la fiabilidad de los libros y a la posibilidad de comprobar adecuadamente el cumplimiento de las obligaciones tributarias, con efectos relevantes sobre la deducción de las cuotas soportadas.
El Tribunal constata que, en el momento de iniciarse las actuaciones inspectoras, las facturas correspondientes a las cuotas regularizadas no figuraban registradas en el SII, extremo que no es controvertido y que ha sido reconocido por la propia entidad. A juicio del Tribunal, las correcciones y registros efectuados con posterioridad al inicio de la inspección no permiten entender cumplidos los requisitos formales exigidos para la deducción en los periodos comprobados, aunque sí posibilitan el ejercicio del derecho a deducir en periodos posteriores conforme a la normativa vigente. Por ello, confirma con carácter general la regularización administrativa en lo relativo a las cuotas de IVA soportado no registradas.
Sin embargo, el Tribunal introduce una diferenciación relevante respecto del IVA a la importación, desarrollando con mayor amplitud su doctrina sobre la regularización íntegra del impuesto. Señala que, cuando la Administración regulariza el IVA devengado en las importaciones, debe reconocer correlativamente el derecho a la deducción del IVA soportado en el periodo en que el sujeto pasivo estaba habilitado para ejercerlo, incluso cuando las cuotas estuvieran pendientes de pago y aun cuando se hubieran incumplido obligaciones formales vinculadas al SII, siempre que no se aprecie la existencia de fraude, abuso de derecho o conducta dolosa. En el caso examinado, el Tribunal destaca que no se ha acreditado ninguna conducta de este tipo por parte de la entidad, por lo que considera improcedente la negativa absoluta a la deducción del IVA a la importación liquidado por la Aduana.
A continuación, el Tribunal analiza de forma separada las alegaciones relativas a errores materiales y de cálculo. En lo que respecta al ejercicio 2020 y al territorio histórico de Álava, aprecia que la Inspección no tuvo en cuenta la totalidad de los ingresos efectivamente realizados por la entidad, pese a haber sido acreditados durante el procedimiento. En consecuencia, estima parcialmente esta alegación y ordena que, en fase de ejecución, se proceda a recalcular la cuota a ingresar teniendo en cuenta dicho ingreso adicional. Por el contrario, rechaza las alegaciones relativas a la supuesta incorrecta regularización de cuotas de IVA caducadas, al considerar que los ajustes efectuados fueron correctamente integrados y compensados entre las actas de conformidad y de disconformidad, sin que se haya producido perjuicio económico indebido.
Sobre la base de todo lo anterior, el Tribunal acuerda una estimación parcial de la reclamación interpuesta frente al acuerdo de liquidación, limitada a la admisión de la deducción del IVA soportado a la importación y a la corrección del importe ingresado en el territorio foral correspondiente, confirmando en todos los demás extremos la regularización practicada por la Administración tributaria.
Finalmente, el Tribunal se pronuncia sobre la reclamación formulada contra el acuerdo de imposición de sanción, realizando un análisis detallado del elemento subjetivo de la infracción. Recuerda que la imposición de sanciones tributarias exige la concurrencia no solo del elemento objetivo del incumplimiento, sino también de culpabilidad, ya sea a título de dolo o negligencia, correspondiendo a la Administración la carga de probar dicha culpabilidad. Tras examinar la motivación del acuerdo sancionador, el Tribunal concluye que, pese a los razonamientos expuestos por la Inspección, el incumplimiento apreciado tiene un carácter esencialmente formal y no revela una conducta sancionable, especialmente a la vista de la complejidad del sistema del SII, de las explicaciones ofrecidas por la entidad y de su comportamiento colaborador durante el procedimiento.
En consecuencia, el Tribunal aprecia la inexistencia del elemento subjetivo necesario para la imposición de la sanción y acuerda la anulación íntegra del acuerdo sancionador, estimando totalmente la reclamación formulada contra el mismo. Como conclusión final, el Tribunal declara ajustada a Derecho la mayor parte de la actuación administrativa en materia de liquidación, con las matizaciones señaladas, y deja sin efecto la sanción impuesta.