El TS deberá pronunciarse nuevamente sobre la vinculación entre investigación y enseñanza en las universidades, a efectos de limitar, aplicando la regla de la prorrata, el derecho a la deducción del IVA soportadas en la actividad investigadora
El TS debe determinar si puede establecerse automáticamente o presumirse una vinculación entre investigación y enseñanza a efectos de limitar, aplicando la regla de la prorrata, el derecho a la deducción de las cuotas de IVA soportadas por adquisiciones de bienes y servicios afectos a la actividad de investigación que realiza la Universidad.
El Auto del Tribunal Supremo de 21 de enero de 2026, en el recurso n.º 175/2025, considera necesario que el Tribunal determine si dentro de los servicios que presta una Universidad, puede establecerse automáticamente o presumirse una vinculación entre investigación y enseñanza a efectos de limitar, aplicando la regla de la prorrata, el derecho a la deducción de las cuotas de IVA soportadas por adquisiciones de bienes y servicios afectos a la actividad de investigación que realiza la Universidad.
El TS ya ha expresado el criterio de negar la presunción de vinculación automática entre la actividad de investigación y la actividad de enseñanza que implique, de manera imperativa, la aplicación de la regla de la prorrata respecto de las cuotas del IVA soportadas con ocasión de los gastos afectos a la investigación [Vid., STS de 16 de febrero de 2016, recurso n.º 1615/2014]. Por tanto, existe doctrina a favor de la deducibilidad total del IVA soportado, negando la necesidad de que la Universidad pruebe que los bienes adquiridos no se usan en la enseñanza.
La sentencia recurrida acepta que la Administración pueda suponer lo contrario, sin necesidad de probarlo, y esto es rechazado por la jurisprudencia citada: no puede establecerse automáticamente, ni presumirse la vinculación que aprecia la Administración entre investigación aplicada y enseñanza.
En la autoliquidación del IVA, del ejercicio 2013, la Universidad dedujo cantidades de IVA soportado en suscripciones de publicaciones hechas por sus bibliotecas y adquisiciones de bienes y servicios imputadas a claves orgánicas correspondientes a determinados programas de gasto en instalaciones y de compra de equipos. La inspección consideró que el uso de las suscripciones es común en la docencia e investigación, por lo que procede admitir una deducción de las cuotas de IVA soportado en la proporción que resulta de aplicación de la regla de prorrata, que la inspección actuaria cifró en el 2%, lo cual supuso una disminución en el IVA deducible. En 2019 el TEAC acordó resolución por la que desestimó la reclamación económico-administrativa interpuesta por la Universidad frente a la anterior liquidación. El recurso contra la anterior resolución fue estimado parcialmente por la Audiencia Nacional, en el sentido de que determinadas transferencias corrientes que percibe la Universidad de la Comunidad Autónoma de Madrid no forman parte de la base imponible del impuesto, ni deben limitar la deducción del IVA soportado. Pero la resolución del TEAC fue confirmada en cuanto a la citada aplicación de la regla de la prorrata respecto del IVA soportado por las adquisiciones mencionadas que es deducible.