El TS se pronuncia sobre el alcance de la prescripción en el caso de la anulación de una liquidación tributaria dictada en el marco de un procedimiento de regularización respecto a la anulación de un ingreso indebido
El Tribunal Supremo concluye que en este caso la extinción de la deuda tributaria liquidada en una actuación administrativa declarada luego prescrita hace recobrar valor y vigencia a la autoliquidación formulada por el interesado efectuada extemporáneamente. Por tanto, la actuación de la Administración no tiene una doble condición, añadiendo a la liquidación -prescrita- otra actividad diferente y que quedaría salvada de esa eventual prescripción. Dicho de otro modo, no hay, formal ni materialmente, un ingreso indebido en el realizado libre y espontáneamente por el sujeto pasivo.
El Tribunal Supremo, en su sentencia de 27 de octubre de 2025, recaida en el recurso n.º 279/2024 reconoce que aunque la prescripción extintiva es una sanción o castigo que el ordenamiento jurídico dispensa a quienes abandonan el ejercicio de sus derechos o acciones en este caso la extinción de la deuda tributaria liquidada en una actuación administrativa declarada luego prescrita hace recobrar valor y vigencia a la autoliquidación formulada por el interesado efectuada extemporáneamente, sin que pueda considerarse que exista un ingreso indebido por parte del contribuyente, ni formla ni materialmente.
La prescripción extintiva, institución milenaria que constituye una expresión especialmente cualificada del principio de seguridad jurídica, es una sanción o castigo que el ordenamiento jurídico dispensa a quienes abandonan el ejercicio de sus derechos o acciones -tanto sujetos públicos como privados-, por no ejercitarlos en los plazos que la ley otorga para ello. En particular, también afecta al ejercicio de la potestad de la Administración tributaria. La prescripción es un castigo, una sanción jurídica, en tanto extingue la deuda tributaria liquidada o que estuviera en trance de serlo, una lógica consecuencia de tal efecto, puramente jurídica, sería en principio la de que, por ser una institución desfavorable para la Administración tributaria, afectase solo a la parte del acto que le beneficia o, visto desde la perspectiva del comprobado, a la parte que a éste perjudica. La prescripción del art. 66.a) LGT se funda en una presunción iuris et de iure de abandono de la acción -más bien del ejercicio de potestad- por la Administración. Sería un contrasentido que, en aplicación mecánica de las reglas sobre prescripción de la actividad comprobadora, con resultado de anulación del acto, quedasen laminados los derechos del contribuyente, manifestados en actos, declaraciones o reconocimientos que resultaran favorables a éste contenidos en la liquidación. Sin embargo en este caso no es posible entender que el pago efectuado por el contribuyente hubiera supuesto un pago indebido y del examen íntegro de lo sucedido en el procedimiento administrativo y de los actos realizados por el interesado cabe inferir las siguientes consecuencias jurídicas: La recurrente presentó la autoliquidación de IVA, presentada en relación con el cuarto trimestre de 2008, de forma extemporánea pero espontánea y anterior al inicio del procedimiento de inspección. La apertura de este procedimiento inspector tenía por objeto la comprobación de esas deudas tributarias declaradas y parcialmente abonadas por recurrente, verificando los términos de la autoliquidación voluntaria. La compensación llevada a cabo por la Administración, por aplicación de la suma ingresada, minoraba la deuda total liquidada por la Administración, pero se nutre del ingreso producido con ocasión de ese pago espontáneo, sin que tampoco haya discrepancia sustantiva o material sobre el hecho de esa compensación. La extinción de la deuda tributaria liquidada en una actuación administrativa declarada luego prescrita hace recobrar valor y vigencia a la autoliquidación formulada por el interesado (art. 108.4 LGT) y, por tanto, a la efectuada extemporáneamente.
En la misma vulneración del principio que prohíbe desconocer los actos propios, que el recurso de casación imputa a la Administración, cabe entender que incurre la recurrente cuando pretende desconocer los efectos de su propia voluntad, libre y espontáneamente manifestada, al presentar la autoliquidación de un tributo debido, en concepto de IVA y saldar, de forma extemporánea, una deuda tributaria. Procede, por tanto, confirmar la sentencia recurrida, correcta en general atendida la solución que alcanza, sin que sea dable considerar, como argumenta la parte recurrente, que la actividad de la Administración haya tenido una doble condición, añadiendo a la liquidación -prescrita- otra actividad diferente y que quedaría salvada de esa eventual prescripción. Dicho de otro modo, no hay, formal ni materialmente, un ingreso indebido en el realizado libre y espontáneamente, en el sentido de improcedente o contrario a derecho (art. 32 LGT) y no procede la formulación de doctrina porque esta solo sería procedente en el caso de que la liquidación prescrita contuviera un reconocimiento de derechos.